Het programma heeft drie bedrijfsmodi die met commandline-opties kunnen worden geselecteerd. Normaal gezien draait de tool in de Default-modus, waarin het probeert om verloren gegane bestanden en mappen te herstellen op basis van informatie die nog steeds kan worden opgeduikeld in de Master File Table (MFT) van een NTFS-schijf.
In die modus vindt het programma recent verwijderde bestanden en mappen vrij betrouwbaar, zolang zowel de ruimte die ze innemen en de corresponderende mapvermeldingen die als leeg zijn gemarkeerd nog niet zijn overschreven. De Segment-modus is ook alleen maar bruikbaar bij NTFS geformatteerde drives. Volgens de handleiding probeert het programma in die modus gegevensstructuren waarin NTFS bepaalde bestandsinformatie opslaat (de zogenaamde segmenten) te vinden. De tijd die nodig is om dit te doen, suggereert dat de tool de hele schijf onder de loep neemt.
Daarna sorteert Windows File Recovery de gevonden bestanden in mappen die een naam krijgen op basis van de respectievelijke bestandsextensie. De originele mappenstructuur gaat verloren, maar de bestandsnamen blijven behouden. Als ook die modus je niet verder helpt, kan de Signature-modus mogelijk nog je redding zijn. Die werkt bij schijven met elk willekeurig bestandssysteem en zoekt op het hele medium naar handtekeningen van gangbare bestandstypen. Die Deep Scan kan zeer lang duren, afhankelijk van de grootte en de snelheid van het opslagmedium.
