De Vanilla System Operator (vso) in combinatie met de tool ABroot zorgt voor updates. Je configureert via de commandline of met het grafische Vanilla Control Centre de intervallen waarop vso moet zoeken naar updates. Om ervoor te zorgen dat nieuwe software zijn weg vindt naar de rootpartitie, die eigenlijk onveranderlijk is, hebben de ontwikkelaars de ABroot-tool geïntegreerd, die twee rootpartities met de labels a en b met elkaar vergelijkt. ABroot kent de toestanden present en future toe aan die partities en regelt de transacties tussen de twee (A⟺B). Vanilla OS schrijft updates altijd naar de future-rootpartitie. Als de transactie succesvol was, start het systeem bij een reboot op van future-partitie, die daarmee de present wordt, en synchroniseert de wijzigingen met de andere partitie.
Met abroot get future en abroot get present wordt gecontroleerd of rootpartitie a of b de volgende zal zijn om op te starten. Dat lijkt ingewikkeld, maar je krijgt daar als gebruiker in het dagelijks leven niets van mee. Vanilla OS downloadt updates onbewaakt op de achtergrond en na een reboot is het systeem up-to-date. Het proces kan echter ook handmatig worden gestart met sudo vso trigger-update –now.
Als je uitgebreider werk aan het systeem moet doen, kun je ook ABroot gebruiken. Het commando sudo abroot shell opent een shell op de future-systeempartitie, bijvoorbeeld om een kernelmodule te installeren. Met sudo abroot kargs edit kun je kernelparameters instellen, bijvoorbeeld om een irritante driver te motiveren om mee te werken. Praktisch: als er tijdens onderhoudswerkzaamheden iets fout gaat, dient de onaangeroerde systeempartitie als reddingsboei.